Il complesso basilicale si compone di due chiese sovrapposte, l'Inferiore (1228-1230) e la Superiore (1230-1253), oltre ad una cripta, scavata nel 1818, con la tomba del Santo, dove riposano le spoglie in un semplice sarcofago poggiato sulla viva roccia. Si accede alla prima dalla piazza inferiore, delimitata da un portico del '400. Il bel portale gemino è sormontato da tre rosoni.
I più grandi maestri del '200 e '300 quali Cimabue, Giotto, i Lorenzetti e Simone Martini hanno affrescato le pareti e i soffitti della Basilica. Stupende le vetrate di Giovanni di Bonino e Puccio Capanna.
Nella Chiesa Superiore le decorazioni di Giotto illustrano la vita del Santo. Vi sono pure opere di Cimabue, Cavallini, Torriti e un coro ligneo di fine '400.
Nel convento, pregevole è il Museo del Tesoro che raccoglie dipinti e cimeli vari legati alla storia della Basilica. Il luogo rappresenta una meta obbligata per quanti, credenti e non, sentono tuttora attuale il messaggio francescano.
Nella Chiesa Inferiore nacque la grande pittura italiana: la navata conserva affreschi del Maestro di S.Francesco; la cappella di S.Martino presenta il ciclo completo delle storie del santo dipinto da Simone Martini; la cappella della Maddalena fu affrescata da Giotto; un affresco di Cimabue è ammirabile sul transetto destro; sul transetto sinistro Pietro Lorenzetti ha dipinto alcune storie della Passione di Cristo. La crociera sopra l'altare, dipinta dal Maestro delle Vele, rappresenta la gloria di S.Francesco e le allegorie della Obbedienza, della Castità e della Povertà.
Nella Chiesa Superiore il genio artistico si è profuso con forza rinnovatrice e creatrice. Qui il gotico nordico fu rivisto in una espressione rituale più semplice, in armonia con il motto francescano dell'esaltazione della Povertà.
Vi è la testimonianza del passaggio dalla civiltà artistica bizantino-romanica a quella italiana.
Il Presbitero fu affrescato da Cimabue, dal Maestro Oltremontano e da Jacopo Torriti.
La navata fu decorata con Storie del Vecchio e del Nuovo Testamento da maestri romani e locali.
Il registro inferiore della navata rappresenta il notissimo ciclo della vita di S.Francesco.
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